Только примерно каждый четвертый человек с диагнозом острый миелогенный лейкоз (ОМЛ) выживает через пять лет после первоначального диагноза. Чтобы повысить этот показатель выживаемости, исследователи из Университета Техаса в Сан-Антонио (UTSA) и Онкологического центра им. М.Д. Андерсона при Техасском университете создали онлайновый атлас для идентификации и классификации белковых сигнатур, присутствующих при диагностике ОМЛ.
Новые классификации белков помогут исследователям и врачам порекомендовать лучшее лечение и персонализированные лекарства для пациентов, страдающих от этого агрессивного рака, который происходит в крови и костном мозге. Прорывное исследование опубликовано в последнем апрельском выпуске Nature Biomedical Engineering.
Исследователь Амина Кутуб, доцент кафедры биомедицинской инженерии UTSA и онколог Стивен М. Корнблау, профессор и практикующий врач отделения лейкемии в онкологическом центре UT MD Anderson определили генетическое, эпигенетическое и экологическое разнообразие, возникающее в раковых клетках вследствие ОМЛ. Анализируя протеомные экраны 205 биопсий пациентов, полученных в Онкологическом центре им. М. Д. Андерсона, первый автор Ченюэ Венди Ху, Корнблау и Кутуб разработали новый вычислительный метод под названием MetaGalaxy для классификации сигнатур белков в 154 различных паттернов, основанных на их клеточных функциях и путях.
Подходя к этой задаче через призму разработки количественной карты для каждого пациента с лейкемией по экспрессии белка в его крови и костном мозге, а не только с качественными метриками и генетическими рисками, ученые смогут более точно классифицировать пациентов по группам риска и лучше прогнозировать результаты лечения.
Чтобы лучше понять отличительные черты ОМЛ на уровне протеомики (белковой системы) и поделиться результатами своей работы с другими исследователями, профессор биомедицинской инженерии UTSA и ее команда создали веб-портал, известный как атлас лейкемического протеома. Созданный командами Кутуб и Корнблау при участии клинических сотрудников со всего мира, он-лайн портал предоставляет онкологам и ученым-онкологам инструменты, необходимые для изучения паттернов экспрессии белка ОМЛ от одного пациента к другому. Он также предоставляет исследователям по всему миру информацию о новых исследованиях лейкемии и новых вычислительных инструментах.
Поскольку многие генетические мутации не могут быть нацелены, профилирование протеом и процесс идентификации мишени, используемые в этом исследовании, ускорят идентификацию терапевтических мишеней. Это также побуждает исследователей гораздо ближе к разработке персонализированной комбинированной терапии для пациентов на основе их уникальных белковых сигнатур.
«Острый миелогенный лейкоз представлен как рак, настолько неоднородный, что его часто называют не одним, а совокупностью заболеваний», - сказал Кутуб. «Чтобы расшифровать клетки, обнаруженные в белках крови и костного мозга пациентов с лейкемией, мы разработали новый компьютерный анализ - MetaGalaxy, который идентифицирует молекулярные признаки лейкемии. Эти признаки аналогичны тому, как созвездия направляют навигацию звезд: они предоставить карту изменений белка при лейкемии. Следующий шаг - перенести эту работу в клинику и повлиять на лечение пациентов.
Источник: https://www.sciencedaily.com/releases/2019/04/190417084513.htm
Комментарии
Пока комментариев нет
Новый комментарий