Разработка ученых обеспечивает всестороннее генотипирование опухоли

Исследователи сообщают, что высокочувствительный метод секвенирования бесклеточной ДНК (cfDNA) позволяет одновременно определять статус микросателлитной нестабильности (MSI) и геномные биомаркеры для солидных опухолей в плазме.

Руководство по клинической практике Национальной сети многопрофильных онкологических учреждений рекомендуют использовать MSI в качестве биомаркера для девяти типов рака (как минимум). MSI-тестирование чаще всего проводится при помощи полимеразной цепной реакции (ПЦР) и/или иммуногистохимического (IHC ) анализа образцов опухолевой ткани, но недавние исследования показали, что секвенирование следующего поколения (NGS) точно характеризует статус микросателлитной нестабильности в опухолях.

Для получения информации о том, как проводят лечение рака в Израиле в Ассуте лучшие специалисты страны, оставьте заявку и мы свяжемся с Вами в ближайшее время.

Теперь ученые из компании Guardant Health и их коллеги описывают разработку и проверку оценки MSI на бесклеточной платформе циркулирующей опухолевой дНК (Guardant360), включающей в себя ранее одобренную панель из 74 генов.

В аналитических испытаниях на чувствительность ученые установили, что 95% -ый предел обнаружения MSI составляет 0,4% при входном сигнале 5 нг и 0,1% при входном сигнале 30 нг.

Исследователи выявили 87% тканей с высоким статусом MSI и 99,5% тканей со стабильным статусом микросателлитов у оцениваемых пациентов с общей точностью в 98,4% (934/949 образцов) и положительным прогностическим значением 95% (71/75 образцов).

Соответствие между результатами платформы и MSI-статусом ткани было выше с NGS (239/244, 98,0%) и ПЦР (450/462, 97,4%), чем с IHC (93/112, 83,0%).

Когда исследователи применили свой алгоритм MSI к более чем 28 000 последовательных клинических образцов пациентов с прогрессирующим раком, протестированных в их лаборатории, 278 образцов, включающих 16 различных типов опухолей, были идентифицированы как имеющие высокий статус MSI, что было аналогично общей распространенности около 1%.

Определение статуса MSI при помощи cfDNA также прогнозировал иммунотерапевтический ответ пациентов. Десять из 16 участников с метастатическим раком желудка, у которых был выявлен высокий показатель MSI, достигли либо полного (три пациента), либо частичного (семь пациентов) объективного ответа, в том числе и три дополнительных пациента со стабильным заболеванием, которые прошли лечение пембролизмабом или ниволумабом после «провала» стандартной химиотерапии.

«Мы разработали и утвердили таргетную панель NGS на основе cfDNA, которая точно оценивает состояние MSI, а также обеспечивает всестороннее генотипирование опухоли, позволяя проводить полное тестирование опухоли с высокой чувствительностью, специфичностью и точностью. Такая одновременная характеристика статуса MSI и генотипа опухоли при помощи простого взятия периферической крови потенциально может расширить доступ, как к целевой терапии, так и к иммунотерапии для всех пациентов с прогрессирующим раком, включая тех, для которых современные парадигмы тестирования на основе ткани не подходят» - сообщили исследователи.

Источник: https://www.medscape.com/viewarticle/916761